Специалисты создали программу, которая позволяет анализировать геном с помощью iPhone. В сочетании с миниатюрным прибором для секвенирования ДНК и РНК гаджет превращается в карманную генетическую лабораторию.
Новое приложение позволяет анализировать ДНК на обычном смартфоне.
Удивительная разработка описана в научной статье, опубликованной в журнале Gigascience.
Технологии секвенирования ("чтения") ДНК и РНК развиваются стремительно. Ещё несколько лет назад новинкой были секвенаторы, весящие меньше трёх килограммов. Сегодня же компания Oxford Nanopore предлагает устройство, которое умещается в ладони и весит менее ста граммов.
Однако секвенатор выполняет только биохимическую ("мокрую") часть расшифровки генома. Полученные на нём данные нужно обработать, и эта обработка требует внушительного количества вычислений. Ещё недавно для этого нужен был как минимум высокопроизводительный ноутбук, а то и целый сервер.
Теперь же нужные расчёты может выполнить обычный смартфон. Правда, пока новая программа доступна лишь для пользователей iPhone. Тестирование на множестве геномов показало, что по производительности она сравнима с популярными среди специалистов аналогами, работающими на "больших" устройствах.
Разработчик приложения iGenomics Асприн Палатник держит в руках карманную генетическую лабораторию: в правой – iPhone, а в левой – секвенатор генома.
Пользователю требуется лишь установить бесплатное приложение iGenomics и подключиться к секвенатору по беспроводной связи.
Разработчики подчёркивают, что все вычисления выполняются исключительно на самом гаджете, а не на удалённых серверах. Поэтому iGenomics может работать даже без доступа к Интернету.
Имея карманный секвенатор и iPhone с установленным на нём iGenomics, биолог практически носит с собой генетическую лабораторию. Это означает, что он может заниматься чтением генетических данных в любом уголке земного шара.
К слову, это особенно важно для оперативной борьбы с вирусами, в том числе и SARS-CoV-2. Разработчики даже опубликовали онлайн-руководство по расшифровке геномов вирусов.
Приложение iGenomics имеет открытый исходный код. Так что в скором будущем можно ожидать выхода таких же программ, работающих на других гаджетах.
Источник: ВЕСТИ НАУКА
