НОВОСТИ

 

Марк Лонго и Рейчел О'Нил из Университета штата Коннектикут (США) показали, что 18% базы данных бактериальных, растительных и животных геномов (то есть всех, кроме геномов приматов) загрязнены последовательностями ДНК человека.

Марк Лонго и Рейчел О'Нил из Университета штата Коннектикут (США) показали, что 18% базы данных бактериальных, растительных и животных геномов (то есть всех, кроме геномов приматов) загрязнены последовательностями ДНК человека.

Дэвид Хосслер из Калифорнийского университета в Санта-Крусе (США) отмечает, что генетики знают о присутствии артефактов человеческой ДНК в геномных сборках, но их количество до сих пор не подсчитывалось. Судмедэксперты и специалисты, работающие с древними ДНК, принимают особые меры для предотвращения контаминации, но большинство проектов по секвенированию геномов не столь строги, ведь в противном случае такой проект обойдётся слишком дорого.

Учёные решили выяснить степень загрязнения геномных баз данных, обнаружив человеческие последовательности в геноме рыбки данио. Для этого они провели поиск элементов Alu - короткого ретропозона приматов, в геномах неприматов. Эти последовательности оказались в 492 из 2 749 архивов. Контаминации были и в исходных данных секвенирования, и в окончательных сборках.

В большинстве случаев загрязнение состояло всего из нескольких сотен оснований ДНК. Более тысячи оснований встречалось очень редко.

Присутствие контаминаций в сырых данных не вызывает удивления у Роберта Уотерстона из Университета штата Вашингтон (США). По его мнению, это неизбежно, а вот компьютерные алгоритмы, которые осуществляют сборку, обязаны находить и удалять чужеродные артефакты. Увы, некоторые учёные безалаберно относятся к разработке соответствующих фильтров.

Г-н Лонго и его коллеги предполагают, что источником загрязнения служат кожа и волосы людей, работающих с образцами, а также данные из других библиотек ДНК, которые находятся на том же оборудовании. Исследователи обнаружили, например, доказательства того, что геном утконоса (Ornithorhynchus anatinus) содержит последовательности, в действительности принадлежащие таммару (Macropus eugenii).

Пока это в большей степени теоретическая проблема биоинформатики, но в скором будущем секвенирование геномов будет применяться в клинической практике, и тогда ценой контаминации может стать человеческая жизнь. Стоит отметить, что выделить в человеческом геноме элементы ДНК другого человека намного сложнее, чем найти их в геноме бактерии.

Результаты исследования опубликованы в журнале PLoS ONE.

Источник: http://www.biorosinfo.ru/archive/news/1432/

Есть вопрос или комментарий?..


Ваше имя Электронная почта
Получать почтовые уведомления об ответах:

| Примечание. Сообщение появится на сайте после проверки модератором.


Вернуться в раздел НОВОСТИ

Регистрация ЛСCRO Биоконсалтинг предлагает любые виды услуг по юридическому оформлению лекарственных средств на территории РФ....
Открыть раздел Регистрация ЛС
ЦТМ г.СухумЦентр трансляционной медицины (ЦТМ) «Биоконсалтинг» г....
Открыть раздел ЦТМ г.Сухум
Подработка для студентов! Участие в медицинских-научных исследованиях. Исследования проводятся в течении 4-х дней (2+2 через 2 недели) (оплата от 3 000 рублей в день)....
Открыть раздел Вакансии
ЦТМ г.СухумЦентр трансляционной медицины (ЦТМ) «Биоконсалтинг» г....
Открыть раздел ЦТМ г.Сухум
Политика в области качестваОсновная цель деятельности Общество с ограниченной ответственностью «Биоконсалтинг» (далее ООО «Биоконсалтинг») – проведение токсикологических,...
Открыть раздел Политика в области качества
The LineAct Platform