Здесь должен находиться великолепный флэш-ролик. Если ролик не видно - установите Flash Player.

Новости

 

Марк Лонго и Рейчел О'Нил из Университета штата Коннектикут (США) показали, что 18% базы данных бактериальных, растительных и животных геномов (то есть всех, кроме геномов приматов) загрязнены последовательностями ДНК человека.

Марк Лонго и Рейчел О'Нил из Университета штата Коннектикут (США) показали, что 18% базы данных бактериальных, растительных и животных геномов (то есть всех, кроме геномов приматов) загрязнены последовательностями ДНК человека.

Дэвид Хосслер из Калифорнийского университета в Санта-Крусе (США) отмечает, что генетики знают о присутствии артефактов человеческой ДНК в геномных сборках, но их количество до сих пор не подсчитывалось. Судмедэксперты и специалисты, работающие с древними ДНК, принимают особые меры для предотвращения контаминации, но большинство проектов по секвенированию геномов не столь строги, ведь в противном случае такой проект обойдётся слишком дорого.

Учёные решили выяснить степень загрязнения геномных баз данных, обнаружив человеческие последовательности в геноме рыбки данио. Для этого они провели поиск элементов Alu - короткого ретропозона приматов, в геномах неприматов. Эти последовательности оказались в 492 из 2 749 архивов. Контаминации были и в исходных данных секвенирования, и в окончательных сборках.

В большинстве случаев загрязнение состояло всего из нескольких сотен оснований ДНК. Более тысячи оснований встречалось очень редко.

Присутствие контаминаций в сырых данных не вызывает удивления у Роберта Уотерстона из Университета штата Вашингтон (США). По его мнению, это неизбежно, а вот компьютерные алгоритмы, которые осуществляют сборку, обязаны находить и удалять чужеродные артефакты. Увы, некоторые учёные безалаберно относятся к разработке соответствующих фильтров.

Г-н Лонго и его коллеги предполагают, что источником загрязнения служат кожа и волосы людей, работающих с образцами, а также данные из других библиотек ДНК, которые находятся на том же оборудовании. Исследователи обнаружили, например, доказательства того, что геном утконоса (Ornithorhynchus anatinus) содержит последовательности, в действительности принадлежащие таммару (Macropus eugenii).

Пока это в большей степени теоретическая проблема биоинформатики, но в скором будущем секвенирование геномов будет применяться в клинической практике, и тогда ценой контаминации может стать человеческая жизнь. Стоит отметить, что выделить в человеческом геноме элементы ДНК другого человека намного сложнее, чем найти их в геноме бактерии.

Результаты исследования опубликованы в журнале PLoS ONE.

Источник: http://www.biorosinfo.ru/archive/news/1432/

Есть вопрос или комментарий?..


Ваше имя Электронная почта
Получать почтовые уведомления об ответах:

| Примечание. Сообщение появится на сайте после проверки модератором.


Вернуться в раздел Новости

Регистрация ЛСCRO Биоконсалтинг предлагает любые виды услуг по юридическому оформлению лекарственных средств на территории РФ....
Открыть раздел Регистрация ЛС
Подработка для студентов! Участие в медицинских-научных исследованиях. Исследования проводятся в течении 4-х дней (2+2 через 2 недели) (оплата от 3 000 рублей в день)....
Открыть раздел Вакансии
Политика в области качестваОсновная цель деятельности Общество с ограниченной ответственностью «Биоконсалтинг» (далее ООО «Биоконсалтинг») – проведение токсикологических,...
Открыть раздел Политика в области качества
The LineAct Platform